絶世の美女として知られる唐の玄宗皇帝の愛妃楊貴妃が、難を逃れて小舟に乗り日本海に面する長門に漂着したという伝説があり、「楊貴妃の墓」と伝えられる五輪塔があるお寺です。

　楊貴妃の霊魂は長安まで往来して玄宗皇帝の夢に現れ、「日本に漂着して死去した」と告げたため、追善供養の為として唐朝でも秘蔵の霊仏、阿弥陀・釈迦の二尊仏と十三重の大宝塔が日本に届けられます。この時、一度京都のお寺を経由したため、二尊仏は阿弥陀・釈迦の一躰ずつを京都のお寺と分け合って安置することになったそうです。そして朝廷より二尊院という院号を賜ったため、今の寺名となっています。

　このようなお寺であるため、楊貴妃にあやかって二尊院にお参りすると、安産・子宝・縁結びのご利益があり、美人になるともきれいな子どもを授かるとも云われています。