三輪山をご神体とし、本殿を造らずに拝殿から山を拝する古代の神祀り形式を残した神社として知られています。祭神の大物主大神（おおものぬしのおおかみ）は、国づくりに迷っていた大国主神（おおくにぬしのかみ）の前に現れた神様で、縁結びの御神徳があります。

　また祓戸神社と手水社の間には「夫婦岩（めおといわ）」がありますが、昔々とても仲の良い夫婦が神社の近くに住んでいて、その二人の仲睦まじさにあやかろうと、お参りの人たちがこの岩に縁結びや子授けを願ったと云われています。

　雅やかな楽の演奏や神楽が舞われる神前結婚式も執り行われています。