法雲寺境内にあり、小野小町に恋をした深草少将が百夜通い（ももよがよい）をした際に腰かけた石が御神体とされています。『百夜通い』とは小野小町に「会いたければ百夜通え」と告げられた深草少将が、九十九日間通い続けて最後の一日に力尽きて亡くなってしまったという伝説で、御神体の石には最後の一日で想いを果たせなかった少将の無念が込められていると言われています。この無念さが現代まで残っているのか、この石の傍らを通ると男女の縁が切れると云われ、京都では婚礼の時にはけっして菊野大明神の側を通らないそうです。また縁切りの神としても信仰され、縁を切りたい方がお参りに訪れています。

　法雲寺の境内を抜けて菊野大明神の案内の通りに進むと、寺務所の中に拝観料を払って通り抜ける戸があり、寺務所の裏に回るようにして菊野大明神に辿り着きます（言葉にするとややこしいですが、そんなに迷うことはありません）。

　菊野大明神は小さな祠で、奉納された赤い提灯がズラリと並んでいます。祈願する人は水を供えて灯明をあげ、社殿をぐるぐる回って祈ると効果があるそうです。