養老二年（718）、この地を訪れた行基菩薩の夢にぶどうを持った薬師如来が現れ、その姿を刻んで安置したことがお寺の起こりと伝わっています。またそれ以降、甲州では葡萄栽培が盛んに行われるようになりました。薬師如来は病気平癒や延命などにご利益がありますが、ぶどうは薬としても用いられていたようです。

　大善寺の本堂（薬師堂）は国宝に指定されており、堂内には薬師三尊像が安置されています。なお大善寺では特別拝観として、グラスワインやぶどうジュースなどがセットになった拝観や、座禅体験も受け付けられています。

　ご祈祷は真言密教による護摩祈祷です。申込は電話、または来山できない場合は郵送にて受け付けられています。通常の護摩祈祷だと、複数のお札やお守をご祈祷しますが、特別護摩の場合は各お札ごとに護摩を焚いてご祈祷されます。日時指定をされますと、その時間に参拝、見学が可能です。そのほか水子供養や御払い、地鎮祭も執り行なわれています。