神功皇后（じんぐうこうごう）を祭神とする神社です。神功皇后は夫の仲哀天皇の急死後、応神天皇を身籠もったままで戦に出向き、お腹に石を当てて出産を遅らせたという伝説が伝わっています。このような強い神徳から安産の信仰があります。

　また神功皇后はこの地の三つの石を身に付けて安産を祈願したと伝えられており、それが神社名にもなっています。その故事により三つの石が入った「祈石」が今も安産のお守りとして授与されており、小石の色が白二個であれば男子、黒二個であれば女子を出産すると占っています。

　大正14年11月には皇太子妃殿下、昭和2年8月には皇后陛下、平成13年6月には皇太子妃雅子殿下に安産祈念のお守りを届けるなど、皇室とも関わりの深い神社です。安産祈願は随時受け付けられています。

　三石神社の入り口には、『神功皇后上陸此地』と刻まれた碑がありました。また境内には神功皇后と応神天皇を抱いた武内宿禰像も立っています。

　そして神功皇后が三つの石をもって安産を祈られた場所を示す三石の遺跡や、女性のシンボルから由来した「再生や不滅の象徴を目的とした」盃状穴（はいじょうけつ）などもあり、古くからの信仰が窺える神社でした。