御祭神は五十瓊敷入彦命（いにしきいりひこのみこと）です。伊奈波神社周辺の地域は、揖斐川、長良川、木曽川という3つの川が流れることから、古くから水の恩恵を受けてきました。その一方洪水も多い地域で、伊奈波神社には水害を防ぐために祈願される役割もあったとされています。

　ご祈祷は9:00~16:00の時間で、随時受け付けられています。個人祈祷の予約はできません。会社・企業等の団体祈祷は予約が必要です。願意は安産祈祷、初宮詣、厄除祈願、車祓、七五三詣をはじめとして各種あります。神前結婚式も行うことができます。